Nada está a ser ocultado
Quase sempre é um destes quatro, por esta ordem.
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Se acabou de o instalar ou atualizar, recarregue os separadores do YouTube que já tinha abertos
O Chrome só executa uma extensão em páginas abertas depois de ser instalada, por isso um separador do YouTube que já estava aberto não tem o FocusTube nenhum até recarregar. O mesmo acontece logo após a extensão atualizar.
Depois de estar a funcionar não precisa de continuar a recarregar: ativar ou desativar algo aplica-se de imediato aos separadores abertos.
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Verifique se o modo não está em Desligado
Abra o popup e veja o separador Modo. Em Desligado, tudo é mostrado no YouTube de propósito, seja o que for que tenha ativado nas Definições. As Definições decidem o que é ocultado; o Modo decide quando isso se aplica.
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Em Temporizador, verifique se há mesmo uma sessão a decorrer
Este é o que mais engana. Escolher Temporizador não inicia nada por si só — significa apenas "ocultar coisas enquanto decorre uma sessão de foco". Até carregar em iniciar, não há nenhuma sessão a decorrer, por isso nada é ocultado e a extensão parece avariada.
Inicie uma sessão, ou mude o modo para Sempre se quiser que as suas definições se apliquem sempre.
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Em Horário, verifique se está dentro de uma das suas janelas
A mesma ideia. Um horário só se aplica nos dias e horas definidos, por isso fora dessas janelas o YouTube é deixado intacto de propósito. Se for sábado e o seu horário cobrir os dias úteis, nada será ocultado — isso é estar a funcionar como configurado.
Se quiser simplesmente que esteja sempre ativo e nunca mais pensar nisto, defina o modo para Sempre.