Nada está sendo ocultado
Quase sempre é um destes quatro, nesta ordem.
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Se você acabou de instalar ou atualizar, recarregue as abas do YouTube que já estavam abertas
O Chrome só executa uma extensão em páginas abertas depois de instalada, então uma aba do YouTube que já estava aberta não tem o FocusTube nela até você recarregar. O mesmo vale logo depois que a extensão atualiza.
Depois que está funcionando, você não precisa ficar recarregando: ativar ou desativar algo tem efeito imediato nas abas abertas.
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Confira se o modo não está em Desligado
Abra o popup e veja a aba Modo. Em Desligado, tudo aparece no YouTube de propósito, não importa o que esteja ativado nas Configurações. As Configurações decidem o que é ocultado; o Modo decide quando isso vale.
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No Timer, confira se realmente há uma sessão em andamento
Esse é o que mais confunde. Escolher Timer não inicia nada sozinho — só significa "ocultar coisas enquanto uma sessão de foco estiver rodando". Até você apertar iniciar, nenhuma sessão está rodando, então nada é ocultado e a extensão parece quebrada.
Inicie uma sessão, ou mude o modo para Sempre se quiser que suas configurações valham o tempo todo.
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No Horário, confira se você está dentro de uma das suas janelas
Mesma ideia. Um horário só vale nos dias e horas que você definiu, então fora dessas janelas o YouTube fica intocado de propósito. Se for sábado e seu horário cobrir só dias de semana, nada será ocultado — isso é o esperado, está funcionando como configurado.
Se você só quer que fique sempre ativo e nunca mais pensar nisso, coloque o modo em Sempre.