No se está ocultando nada
Casi siempre es uno de estos cuatro, en este orden.
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Si acabas de instalarlo o actualizarlo, recarga las pestañas de YouTube que ya tenías abiertas
Chrome solo ejecuta una extensión en las páginas abiertas después de instalarla, así que una pestaña de YouTube que ya estaba abierta no tiene FocusTube en absoluto hasta que la recargas. Lo mismo pasa justo después de actualizar la extensión.
Una vez en marcha no hace falta seguir recargando: activar o desactivar algo se aplica al instante en las pestañas abiertas.
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Comprueba que el modo no esté en Apagado
Abre el popup y mira la pestaña Modo. En Apagado, todo se muestra en YouTube a propósito, sin importar lo que hayas activado en Ajustes. Ajustes decide qué se oculta; Modo decide cuándo se aplica.
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En Timer, comprueba que hay una sesión en marcha de verdad
Este es el que más engaña. Elegir Timer no arranca nada por sí solo — solo significa "ocultar cosas mientras haya una sesión de concentración en marcha". Hasta que pulsas empezar, no hay ninguna sesión activa, así que no se oculta nada y la extensión parece rota.
O bien empieza una sesión, o cambia el modo a Siempre si quieres que tus ajustes se apliquen todo el tiempo.
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En Horario, comprueba que estás dentro de una de tus franjas
La misma idea. Un horario solo se aplica en los días y horas que fijaste, así que fuera de esas franjas YouTube se deja tal cual a propósito. Si es sábado y tu horario cubre los días laborables, no se ocultará nada — eso es que está funcionando como lo configuraste.
Si simplemente quieres que esté siempre activo y no volver a pensar en esto, pon el modo en Siempre.